Diwaktu beliau sedang asyiknya belajar dengan ayahnya dan guru guru Darussalam, Ayah Beliau (Abuya Syekh H.Muhammad Wali Al – Khalidi) meninggal dunia pada masa itu beliau berumur 14 tahun.
Setelah meninggal ayah beliau (Abuya Syekh H Muhammad Wali Al-Kalidi) tinggalah beliau bersama Abuya labaisati di Pawoh yaitu ulama besar dari Sumatera Barat, beliau datang ke Aceh dengan tujuan untuk belajar dan mengambil berkah kepada Abuya Syekh Muda Wali Al Khalidi, maka beliau (Abuya Syekh H.Amran Wali Al-Khalidi) belajar kepada Abuya Syekh Labaisati dan bersulok dengan beliau di pawoh.
Kemudian pada umur 16 Tahun beliau diantar oleh pamannya untuk belajar ke Banda Aceh kepada Abu Daud Zamzami. Selama 4 bulan.
Sekembalinya dari Banda Aceh beliau berangkat ke Malalo ke Sumatera Barat untuk kembali belajar kepada Abuya Labaisati sambil belajar di Perguruan Tinggi UIN Padang Panjang, dan tinggal di jaho bersama Ummi Rabi’ah.
Dan juga beliau pernah belajar di College Islami Kelantan Malaysia. Lalu beliau kembali ke Aceh dan meneruskan pendidikan di UIN Banda Aceh selama 3 bulan lamanya.




