Kemudian, pada 2004, ia kembali menjadi Satuan IV Direktorat Reserse Kriminal Khusu Polda Metro Jaya.
Sebab telah menggeluti bidang reserse lebih dari 10 tahun, Toni Harmanto akhirnya diangkat menjadi Wakil Direktur Reskrimum Polda Metro Jaya pada 2007. Berselang lima tahun, pada 2012, Toni Harmanto naik jabatan menjadi Direktur Reskrimum Polda Metro Jaya selama satu tahun.
Berkat kinerja dan capaiannya selama di Polda Metro Jaya, Toni Harmanto ditarik menjadi Wakil Direktur Tindak Pidana Umum di Bareskrim Polri pada 2013. Lalu, pada 2016, ia diangkat menjadi Kepala Biro Pembinaan dan Operasional Bareskrim Polri.
Setelah di bidang reserse, berkarier di Polda Metro Jaya, dan Bareskrim, karier Toni Harmanto semakin mentereng dengan menjadi Wakapolda Jawa Timur pada 2018. Selama satu tahun saja, Toni dipindah menjadi Kapolda Sumatera Barat pada 2019.
Dari Sumatera Barat, Toni Harmanto kembali dipindahkan menjadi Kapolda Sumatera Selatan pada 2021 hingga akhirnya saat ini dipercaya menjadi Kapolda Jawa Timur oleh Kapolri Listyo Sigit. (Wiwin Hendra).
