Benny Moerdani mengingatkan Soeharto mengenai bisnis anak-anak keluarga Cendana, dia mengingatkan untuk menjauhkan anak-anaknya dari kekuasaan. Namun, Soeharto nampaknya marah dan tak terima jika anak-anaknya dipermasalahkan.
Setelah itu, Soeharto memberikan Benny Moerdani jabatan sebagai menteri Pertahanan dan Keamanan dalam Kabinet Pembangunan V.
Namun, meski diberi jabatan, kekuatan militer Benny semakin terkikis, urusan Benny tak jauh-jauh dari kegiatan seremonial.
Benny juga banyak berkecimpung di dunia intelijen, sehingga sosoknya banyak dianggap misterius.
Diketahui ada dua misi super rahasia yang pernah dilakukan Benny Moerdani saat ia memegang jabatan penting saat di BIN.
Melansir dari buku berjudul “Benny Moerdani Yang Belum Terungkap”, misi rahasia tersebut adalah pertama pernah menyelundupkan 2000 senjata ke Afganistan.
Hal ini berawal saat pasukan Uni Soviet akan menduduki Afganistan, sehingga membuat Amerika Serikat yang sedang perang dingin pun mulai gusar.
Indonesia di bawah kepemimpinan Soeharto yang saat itu memang dekat dengan Amerika Serikat, lantas memutuskan untuk membantu.
