3. Kalimantan
Kalimantan Utara: Bulungan, Kota Tarakan Kalimantan Timur: Berau, Kutai Barat, Penajam Paser Utara, Kutai Kartanegara, Kota Bontang, Kutai Timur, Kota Balikpapan Kalimantan Tengah: Barito Timur, Kapuas Kalimantan Selatan: Tanah Laut, Kota Banjarbaru, Tapin, Hulu Sungai Selatan, Banjar, Tanah Bumbu, Balangan, Kotabaru, Hulu Sungai Utara, Kota Banjarmasin Kalimantan Barat: Bengkayang
4. Jawa
Jawa Timur: Pacitan, Kediri, Lumajang, Kota Madiun, Ponorogo, Tulungagung, Banyuwangi, Magetan, Kota Kediri, Kota Malang, Nganjuk, Blitar, Malang, Jember, Sidoarjo Jawa Tengah: Wonogiri, Karanganyar, Kota Surakarta, Magelang, Boyolali, Banyumas, Kebumen, Sukoharjo, Temanggung, Pemalang, Tegal, Purbalingga, Purworejo, Sragen, Semarang, Cilacap, Klaten, Kota Salatiga DI Yogyakarta: Sleman, Kulon Progo, Bantul, Gunungkidul
5. Bali, Nusa Tenggara, Maluku, dan Papua
Bali: Badung, Jembrana, Klungkung, Karangasem, Kota Denpasar, Tabanan, Buleleng Nusa Tenggara Timur: Sumba Barat Daya, Manggarai, BeluMaluku Utara: Halmahera Utara Papua: Merauke
Aspek yang digunakan untuk menetapkan zonasi suatu daerah antara lain indikator epidemiologi, indikator surveilans kesehatan masyarakat, dan indikator pelayanan kesehatan.
