Wedana Labuhanbatu pertama berkedudukan di Kampung Labuhanbatu, kemudian pada tahun 1895 dipindahkan ke Labuhan Bilik, tahun 1924 dipindahkan ke Marbau, tahun 1928 dipindahkan ke Aek Kota Batu dan pada tahun 1932 dipindahkan Rantauprapat hingga Indonesia memproklamirkan kemerdekaannya pada tanggal 17 Agustus 1945 kedudukan Wedana Belanda tetap berada di Rantauprapat.
Pada tahun 1942 tentara Dai Nippon Jepang menduduki seluruh wilayah Indonesia, selanjutnya pada tanggal 3 Maret 1942 tentara Jepang mendarat di Perupuk atau Tanjung Tiram, dari Perupuk sebahagian tentara Jepang tersebut melanjutkan gerakan untuk merebut Kota Tebing Tinggi dan selanjutnya Kota Medan. Kemudian sebahagian lagi bergerak ke wilayah Tanjung Balai yang pada saat itu sebagai pusat Pemerintahan Afdeling Asahan selanjutnya dari Asahan atau Tanjung Balai menuju wilayah Labuhanbatu untuk merebut Kota Rantauprapat.
Pada masa penjajahan Jepang sistem Pemerintahan zaman Hindia Belanda tetap dilanjutkan, yaitu sistem Pemerintahan zelf bestuur dan kekuasaan Sultan/Raja tetap berlangsung. Untuk memonitoring kegiatan Pemerintahan yang dilaksanakan Jepang membentuk fuku bunsyuco.
